其原理是当靶蛋白（A蛋白）和诱饵蛋白（B蛋白）特异结合后，诱饵蛋白（B蛋白）结合于报道基因的启动子，启动报道基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。

在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的DNA序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗（A蛋白），再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白（B蛋白），就会与相应抗体（A蛋白）特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。

它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白（B蛋白）”，当待测蛋白（A蛋白）与诱饵蛋白（B蛋白）结合后，薄膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。

通过荧光显微镜技术可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、DNA 和RNA 的时空信息。

通过微型化，集成化，高通量化的抗体芯片来检测蛋白结合情况。

基本原理是在细胞裂解液中加入兴趣蛋白的抗体（抗A蛋白），孵育后再加入与抗体（抗A蛋白）特异结合于Pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)，若细胞中有正与兴趣蛋白（A蛋白）结合的目的蛋白（B蛋白），就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白（B蛋白）—兴趣蛋白（A蛋白）—抗兴趣蛋白抗体（抗A蛋白）—SPA|Pansobin”，因为SPA|Pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物四组分又被分开。然后经Western blotting法，用抗体（抗B蛋白）检测目的蛋白（B蛋白）是什么，是否为预测蛋白。这种方法得到的目的蛋白（B蛋白）是在细胞内天然与兴趣蛋白（A蛋白）结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白可信度高，是蛋白质-蛋白互作检测的金标准。但这种方法有两个缺陷：一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者（C抗体）在中间起桥梁作用;二是必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果。

原理是将GST融合蛋白（A蛋白）作为探针固化到凝胶柱上，与溶液中的目的蛋白（B蛋白）结合。可以用来确定融合（A蛋白）蛋白与未知或靶蛋白（B蛋白）间的新的相互作用，证实探针蛋白（A蛋白）与已知蛋白质（B蛋白）间可疑的相互作用。但这种方法可能会出现假阳，因为结合是由于电荷的吸附作用，而不是真正的相互作用。

蛋白与蛋白互作数据都是通过以上高通量的亲和实验得到的，而不是仅仅通过单纯的生物信息学预测。当然这些互作信息也存在局限性，例如互作关系在Hela细胞中得到验证，但并不一定适用其他细胞系或某种生理现象。虽然我们还是需要通过实验来进一步验证，但至少系统地、全面地为我们指导实验方向提供精准的预测和实验证据。

本期就到这里了，相信大家对蛋白-蛋白互作有了一定的了解，下一期将演示如何通过一些工具寻找某基因(蛋白)直接互作的蛋白(或基因名)。

赵忻艺，将大数据应用于医学科研，主要包括临床医学数据的挖掘、收集、整理和利用（标准化和科学化的数据库），医学分子大数据的整理、利用及研究（基因、蛋白及代谢）。特别针对肿瘤个体化的基因测序和数据快速处理，寻找个体化的分子标志物、药物靶标和治疗方案。目前，已建立浙大大数据挖掘团队，旨在降低研究者学习大数据的门槛，推动大数据共享与研究协作，发表更高质量的研究成果，为科研决策提供精准的预测和实验证据。

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